これは同じicloudアカウントで複数のPCを同期している場合や、iphone、ipadと同期している場合によく起こる現象なんだよね。
私はPC3台、iphone、ipad持っていて、それらすべてを1つのicloudアカウントでブックマークを同期しているんだけど、
いい感じで同期できているなぁと思っていても、気が付くといつの間にかブックマークやそれを入れてるフォルダが重複してたくさんつくられていることがあるんだよね。
私もその現象に長年困らされてきたんだけども、やっと最近になって、根本的な解決方法がわかったんだよ。
まず第一に、基本的にPCを2台以上起動して、同時にクロームを2つ起動しないこと。
これやってるとすぐにブックマークがダブっちゃうんだよね。
で、ブックマークが重複しちゃったら、必殺解決の拡張機能の、
「ランデ・イント」ちゅうのをクロームの拡張機能に入れるんだ。
そうすると重複しちゃったブックマークやフォルダが一覧表示されて、ボタンをピッて押せば削除できるだよ。
ただ、ときどきうまくいかないこともあるので、やるときは自己責任でお願いな。
まぁ、私は今のところ、すげー助かってるんだけどね。